迷你机箱虽然受到部分用户喜爱，但其仍然会有着很多缺点，迷你机箱的兼容性比较差，并且其散热效果也不好，不但价格要更贵一些，在安装的时候也十分的麻烦。
兼容性差
迷你机箱在硬件兼容上很差，绝大部分的硬件都不能装进去，只能使用对应的itx主板和sfx电源。
散热差
由于体积小，所以机箱内部的热量很容易堆积，并且由于可以安装的散热风扇少，就导致散热比较差。
价格贵
虽然迷你机箱更小也更省料，但其价格是要高于普通机箱的，对应的itx主板和电源也要比常规的更贵。
组装麻烦
用户在组装迷你机箱的时候简直就是折磨，没有充足的内部空间用来装机，一个步骤错了就需要全部拆掉。
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